Les principaux mécanismes dégradants qui affectent les produits laitiers sont le développement microbien et le rancissement par oxydation. Le type de détérioration qui va affecter les produits laitiers dépend des propriétés intrinsèques des différents produits. Par exemple, les produits à faible a_w comme les fromages à pâte dure sont généralement gâtés par le développement de moisissures alors que les produits à aw élevé comme les crèmes et les fromages à pâte molle sont sensibles aux levures et à l'action bactérienne, au rancissement par oxydation et à la séparation physique.

Le MAP peut étendre de façon significative la durée de vie des produits laitiers. On obtient avec le MAP des durées de conservation similaires à celles obtenues avec du conditionnement sous vide. Les fromages à pâte dure sont généralement conditionnés sous CO₂, gaz très efficace pour inhiber le développement des moisissures. Les fromages à pâte molle sont conditionnés avec des mélanges CO₂ / N₂ qui peuvent également inhiber la détérioration bactérienne et le rancissement par oxydation. Pour les fromages à pâte molle râpés, on recommande un mélange 30 % CO₂, 70 % N₂. Le MAP est particulièrement efficace pour les fromages friables comme le Lancashire et le fromage râpé, alors que le conditionnement sous vide le comprimerait de façon malheureuse.

Le MAP n'est pas recommandé pour les fromages bleus portés à maturation avec de l'artisou du fait que les mélanges CO₂ / N₂ tueraient les artisous et lui donnerait un couleur jaune peu attrayante. Au contraire, les crèmes sont affectées par les atmosphères renfermant du CO₂ qui les acidifient et substituent un goût piquant à leur saveur douce originale. C'est la raison pour laquelle le N₂ est recommandé pour le MAP des crèmes et produits à base de crème. Un ratio gaz/produit de 2 pour 2 est préconisé. En excluant l'air, le N₂ est aussi capable d'inhiber le développement de microbes aérobies et le rancissement par oxydation. Les crèmes en bombe utilisent du protoxyde d'azote (N₂O) comme gaz propulseur qui inhibe lui aussi le rancissement par oxydation.

Les autres produits laitiers comme le beurre et le yaourt ne sont généralement pas conditionnés sous atmosphère protectrice mais ont tout intérêt à être emballés avec du N₂. Les risques d'empoisonnement alimentaire pour les produits laitiers sont essentiellement dus, soit à une pasteurisation inadéquate, soit à une contamination croisée pendant ou après le conditionnement. Par conséquent, une pasteurisation adéquate et le respect permanent des températures de réfrigérations recommandées, de règles d'hygiène et de manipulation rigoureuses sont essentiels pour garantir la sécurité des produits laitiers.